Class DistanceResult

java.lang.Object
org.snpeff.pdb.DistanceResult

public class DistanceResult extends Object
  • Field Details

    • debug

      public static boolean debug
    • aa1

      public char aa1
    • aa2

      public char aa2
    • aaPos1

      public int aaPos1
    • aaPos2

      public int aaPos2
    • chr1

      public String chr1
    • chr2

      public String chr2
    • pos1

      public int pos1
    • pos2

      public int pos2
    • distance

      public double distance
    • proteinId

      public String proteinId
    • pdbChainId1

      public String pdbChainId1
    • pdbChainId2

      public String pdbChainId2
    • trId1

      public String trId1
    • trId2

      public String trId2
  • Constructor Details

    • DistanceResult

      public DistanceResult()
    • DistanceResult

      public DistanceResult(String proteinId, org.biojava.nbio.structure.AminoAcid aa1, org.biojava.nbio.structure.AminoAcid aa2, Transcript tr1, Transcript tr2, double distance)
    • DistanceResult

      public DistanceResult(String line)
  • Method Details

    • compareByPos

      public int compareByPos(DistanceResult d)
      Compare by genomic position
    • equalPos

      public boolean equalPos(DistanceResult d)
      Same genomic positions
    • getId

      public String getId()
    • hasValidCoords

      public boolean hasValidCoords()
    • setAa1

      public void setAa1(org.biojava.nbio.structure.AminoAcid aa)
    • setAa2

      public void setAa2(org.biojava.nbio.structure.AminoAcid aa)
    • setTr1

      public void setTr1(Transcript tr)
    • setTr2

      public void setTr2(Transcript tr)
    • toString

      public String toString()
      Overrides:
      toString in class Object
    • toStringPos

      public String toStringPos()
      Show genomic positions only